京都大学図書館機構

9月12日、京都大学学術情報リポジトリの収録論文が1万件を突破したことを下記のようにお伝えしました。 ■京都大学学術情報リポジトリの収録論文が1万件を突破！　 https://www.kulib.kyoto-u.ac.jp/modules/news/article.php?storyid=210 1万件目の収録論文は、理学研究科物理学・宇宙物理学専攻の吉川研一先生と大学院生の樋口祐次さん、ニューヨーク市立大学のChwen-Yang Shewさんの共著である以下の論文でした。 ●C.-Y. Shew, Y. Higuchi, and K. Yoshikawa “Elucidation of conformational hysteresis on a giant DNA”, J. Chem. Phys., 127, 085103 (2007) http://hdl.handle.net/2433/45695 そこで、1万件目を記念して、吉川先生にコメントをお願いしたところ、快くお引き受けいただき、著者3人の合同コメントを頂戴することができましたので、以下にご紹介いたします。 Q1. 今回の論文はどのような内容でしょうか？　また、研究の進展によってどのようなことを明らかにしようとされているのでしょうか？ What content is this article? What do you try to clarify by the progress of this research?　 A1.

　DNAは生命現象に関わる基本的な物質として、盛んに研究が行われてきています。DNAの塩基配列や原子配列については、近年、飛躍的な研究の進展があり、現代の生命科学の中心課題ともなっています。一方で、細胞由来のDNA分子は、その全長は、mmからcm程度の大きさがあり、それが全体としてどのような特質を持っているかといったことについては、不明な点が多く残されています。我々の研究室では、蛍光顕微鏡を活用して、長鎖DNAの単分子観察を行うことにより、溶液環境の変化にともなう、DNAの高次構造変化について系統的な研究を進めてきました。このような研究を通した、巨大DNA１分子は大きく広がったランダムコイル状態から、高密度に凝縮した状態へと、不連続な転移を示すことを明らかにしてきました。この転移では密度差が、数万倍程度であり、構造的にも不連続―連続転移で特徴付けられることから、Landau流の対称性の議論に基づくと、一次相転移に分類されます。また、このような単一分子鎖レベルでの、相転移は、DNAのsemiflexible(全体の長さのスケールから見ると柔らかいが、局所的に見ると堅いということ)な性質に起因しており、DNAに限らず高分子の一般的な特質とも関連して、今後の展開が期待される研究分野となっています。 　DNA凝縮転移に解明には、学際的なアプローチが求められています。本論文ではDNAの単一分子鎖の実験と、semiflexibleな高分子についての分子動力学による理論計算を、組み合わせて総合的に研究を行った結果を報告しています。 　単一DNA分子の実験では、水溶性の中性高分子であるPEGを添加することによる、単分子鎖の折りたたみ転移の観察を行いました。コイル状態から凝縮状態への過程と、その逆過程を計測した結果、明瞭で、再現性のあるヒステリシスがあることを、見出しました。これは、DNA単一分子鎖レベルでのヒステリシスを明確にしてものとして、実質的に最初の論文となっています。 　上述の実験結果に、分子鎖のsemiflexibilityがどのように関与しているかといった問題に迫るために、無荷電の分子鎖について、折り曲がりの自由度に硬さ（バネ定数）を導入することにより、分子動力学計算を行いました。分子鎖が柔らかい時にはヒステリシスは生じることは無く、十分な堅さを取り入れたときにのみ、ヒステリシスが現れることを確認しまました。分子鎖の堅さが増すと、折りたたまれた状態の秩序性は高く、このことが、折りたたみ転移が、凝縮と脱凝縮でその経路が異なることに直接関与していることが明らかとなりました。 　このように、単一分子鎖の計測実験と、分子動力学計算による理論的なアプローチを併行させることにより、単一長鎖DNAのもつ特質を抽出することができました。 DNA is one of the most studied molecules among the large number of different biomolecules because of its fundamental role in life. Among its molecular properties, the conformational transition of a giant DNA has recently attracted a great deal of attention, because all of the genomic DNA exhibit the size longer than hundreds kilo base-pairs. The research laboratory of Prof. Yoshikawa has pioneered the basic research to elucidate the conformational transition of single DNA molecules caused by condensing agents through single molecular imaging method. As the condensing agents can be multi- valent cations or neutral polymers, such as PEG (polyethylene glycol), are known. This laboratory has revealed the most striking feature of a giant DNA, that is, the long chain DNA undergoes a discrete conformational transition, accompanied with finite region for the coexistence between compact and elongated conformations. The discrete transition is an indication of the first-order phase transition under the criterion of symmetry argument by Landau, and an extensive study has shown that the semiflexibility of DNA is the main cause for such unique behavior. To target on this problem of the phase transition of a single molecular chain, an integrative approach by combining experimental and computational methods was developed in this paper. In the experimental part, the forward and backward titration were conducted to monitor the folding and unfolding processes of a giant DNA by increasing and decreasing PEG concentration, respectively. We find that these two processes form a hysteresis loop in a reproducible manner, suggesting that the folding and unfolding processes of a giant DNA undertake different kinetic pathways. This paper presents the first experiment evidence to characterize the conformational hysteresis loop of a single DNA. In addition, computer simulations were resorted to examine the role of semiflexibility on hysteresis loop by using a simplified chain model. The simulations predict that the hysteresis loop emerges only when the chain is stiff enough, but not in the case of flexible chains. Meanwhile, the compact conformation in the hysteresis loop is found to be more stable in terms of equilibrium thermodynamics. Nevertheless, the elongated DNA chain, which is thermodynamically less stable, persists until the concentration of condensing agents becomes high enough. We discuss such behavior in relation to the semiflexibility of a DNA molecule. Namely, an increase of chain stiffness attenuates the number of chain conformations, including most of conformations required to make a transition to compact conformation. As a result, the folding process is impeded. On the contrary, condensing agents increase monomer-monomer attraction, which facilitate the folding process by increasing the number of chain conformations. Through the integrative approach between single DNA observation and numerical simulation of a semiflexible polymer chain, we mde clear the underlying physics on the conformational hysteresis of DNA. Future study along this direction may open a new discipline on the polymer science not only for DNA but also for macromolecules in general.

Q2. どうして京大リポジトリに登録しようと思われたのでしょうか？　また、そのメリットはどこにあるとお考えでしょうか？ A2.

　本論文のような国際的な共同研究がリポジトリの登録により、広く社会に知れ渡る機会を得ることができたことは、私たち共著者全員の喜びでもあります。学術論文については、版権とも関連して、大きく広報することには難しい点があります。しかしながら、大学での研究は、本来人類の知的財産として、所属する機関や、職の種類、あるいは、国家の枠を超えて、その成果が活用されるべきものであると思います。京大でのリポジトリが大きく発展することに対して、期待の念をこめて、本紹介文のまとめとさせていただきます。 Chwen-Yang Shew, 樋口祐次, 吉川研一

●吉川研究室（時空間秩序・生命物理学） http://www.chem.scphys.kyoto-u.ac.jp/index_s.html [附属図書館電子情報掛]

10月22日(月)午後より発生しております図書館システムの不具合解消のため、サーバメンテナンスを行っておりますので、現在、以下のサービスが休止中です。 ご迷惑おかけして誠に申し訳ありませんが、ご了承ください。 ●休止するサービス 　１．蔵書検索KULINEおよびオンライン申込 　２．MyKULINEシステム ※作業が終了次第、サービスを再開します。 ⇒復旧しました。ご利用いただけます。（10月23日(火)22:30） 【図書館機構】

9月以降に京都大学学術情報リポジトリに収録された京都大学の研究成果の中からいくつかをご紹介します。 国際的な学術雑誌や国内学会誌に掲載された論文、図書に収録された論文、講義ノートなど幅広い研究成果を京都大学所属の先生からご寄贈いただきました。 ■尾池和夫. 地震（図解雑学）. ナツメ社. 2001. http://hdl.handle.net/2433/48828 ■Atsushi Yamaji. Thermal history of the NE Japan frontal arc since the Late Miocene inferred from vitrinite reflectance. Geofísica Internacional, vol. 33, 45-­51, 1994. http://hdl.handle.net/2433/48894 ■Murase, Masatoshi. Alzheimer's Disease as Subcellular 'Cancer' ― The Scale-Invariant Principles Underlying the Mechanisms of Aging ―. Progress of Theoretical Physics. 95(1). 1996. 1-36. http://hdl.handle.net/2433/48880 ■Murase, Masatoshi. "The Origin and Evolution of Life by Means of Endo-Exo Circulation". 歴史としての生命 : 自己・非自己循環理論の構築. 村瀬雅俊. 京都大学学術出版会. 2000, 369-376. http://hdl.handle.net/2433/48892 ■村瀬, 雅俊. 電磁波と生体への影響 - 作用機序解明をめざす統合生命科学 -. 科学・社会・人間. 88, 2004. 37-50. http://hdl.handle.net/2433/48881 ■村瀬雅俊. こころの老化としての「分裂病」: 創造性と破壊生の起源と進化. 講座生命. 中村雄二郎, 木村敏監修. Vol.5, 2001. 220-258. http://hdl.handle.net/2433/48889 ■Murase, Masatoshi. A Simplified Model for Excitability. 1992 http://hdl.handle.net/2433/48886 ■Yoshihiko Susuki and Takashi Hikihara. An analytical criterion for stability boundaries of non-autonomous systems based on Melnikov's method. システム制御情報学会誌. 15(11), 586-592, Nov. 2002. http://hdl.handle.net/2433/48898 ■薄, 良彦, 引原, 隆士. 電力ネットワークのハイブリッドダイナミクス: モデル, 解析, 制御. システム/制御/情報, 51(11), Nov. 2007. http://hdl.handle.net/2433/48897 ■薄, 良彦. 電力系統とハイブリッドシステム: 何がハイブリッド？. システム/制御/情報. 51. 2007. 240-241 ttp://hdl.handle.net/2433/48896 ■Kawai, Shinnosuke ... [et al]. Dimension reduction for extracting geometrical structure of multidimensional phase space : application to fast energy exchange in the reaction O(1D) + N2O -> NO + NO. Physical Review A. 75(2), 022714. http://hdl.handle.net/2433/48865 ■Numakura, H. ... [et al]. The Snoek Relaxation in Dilute Ternary bcc Alloys. A Review. JOURNAL DE PHYSIQUE IV. 6(C8), 97-108, 1996. http://hdl.handle.net/2433/48907 ■沼倉, 宏. メカニカル・スペクトロスコピー　：　振動でわかる原子のジャンプ. 日本物理学会誌. 55. 2000. 409-419 http://hdl.handle.net/2433/48861 このように、京都大学学術情報リポジトリでは、学術雑誌掲載論文をはじめとする多様な研究成果を収録していっています。ご自身の研究成果（原稿）をリポジトリに収録したい、してもよいと思われる京都大学の研究者の方は、下記の案内をご覧の上、ぜひ図書館担当掛までご連絡ください。 ●京都大学学術情報リポジトリ総合案内サイト https://edb.kulib.kyoto-u.ac.jp/kurir/index.html [附属図書館電子情報掛]

10月22日15:30現在、図書館システムオンラインサービスにて、サーバ障害により、ILL依頼の申込みがご利用いただけない状況です。 誠に申し訳ございません。 急ぎ、原因調査と回復にむけて作業しておりますので、今しばらく、当該サービスのご利用はお待ちください。ご迷惑おかけします。 【図書館機構】

エルゼビア（Elsevier）社が、電子ジャーナル・プラットフォームScienceDirectを、バージョンアップのため、10月20日（土）21:00から約2時間程度サービスを停止させるとアナウンスしています。

【休止日時】2007年10月20日（土）21:00-23:00（日本時間）
【休止内容】ScienceDirectで提供している電子ジャーナル

詳しくはエルゼビア・ジャパンのホームページをご覧ください。
http://japan.elsevier.com/

[附属図書館電子情報掛]

トムソンサイエンティフィック主催の学術シンポジウムJapan Research Day & Research Front Award 2007「日本の優れたリサーチフロントを称えて」において、4人の京都大学研究者にResearch Front Award 2007が贈られました。 ・東正樹准教授、島川祐一教授、高野幹夫特任教授（化学研究所） ビスマスペロブスカイトにおける強磁性強誘電体の探索 http://www.kuicr.kyoto-u.ac.jp/announce/news_070919.html ・竹本佳司教授（薬学研究科） 多機能性チオウレア触媒の設計と触媒的不斉付加反応への応用 http://www.pharm.kyoto-u.ac.jp/orgchem/ Research Front Awardは、科学界で特に焦点がおかれている領域の高被引用論文の著者に贈られる賞です。 リサーチフロント（先端研究）をリードする日本の研究者17名が表彰されました。 ○詳しくはトムソンサイエンティフィックのプレスリリースをご覧ください。 http://www.thomsonscientific.jp/news/press/rf2007/ http://www.thomsonscientific.jp/event/rf2007/report/ ○京都大学の研究者の論文を捜すには？ ■論文データベースから 　（学内）Web of Science: https://edb.kulib.kyoto-u.ac.jp/dbj/W.html 　（学内）SciFinder Scholar: https://edb.kulib.kyoto-u.ac.jp/dbj/S.html 　（学内）Scopus: https://edb.kulib.kyoto-u.ac.jp/dbj/S.html 　PubMed: https://edb.kulib.kyoto-u.ac.jp/dbj/P.html 　CiNii: https://edb.kulib.kyoto-u.ac.jp/dbj/C.html ■京都大学研究者総覧データベース 　http://www.adm.kyoto-u.ac.jp/infolib/meta/KsDefault.exe ■京都大学にある図書・雑誌を検索するには 　KULINE　https://op.kulib.kyoto-u.ac.jp/webopac/ ■京都大学学術情報リポジトリにも 　 [附属図書館電子情報掛]

18世紀の英国・英語文献約15万点・3300万ページがフルテキストでご利用いただけるデータベース"Eighteenth Century Collection Online (ECCO)"を導入いたしました。ぜひご利用ください。 ■Eighteenth Century Collection Online (ECCO) 　- アクセス: http://infotrac.galegroup.com/itweb/kyotodai 　- 利用は京大キャンパス内からのみ可能です。 　Eighteenth Century Collection Online (ECCO) は、18世紀刊英国・英語圏文献を収めるマイクロフィルム・コレクション「The Eighteenth Century」収録の全資料をオンライン化したもので、約15万点、3300万ページのフルテキスト検索が可能です。 詳しくは雄松堂書店やTomson Learningのページをご覧ください。 ●学内で利用できるデータベースのリスト https://edb.kulib.kyoto-u.ac.jp/gakunaidb.html [附属図書館電子情報掛]

2007年9月28日現在、Emerald社から提供されている電子ジャーナルタイトルの一部に対して、本来閲覧できるはずの論文であるのにID/PWを求められるといった不具合が発生しております。 現在原因を調査中ですが、不具合が解消されるまでは、こちらのページをご覧いただき、ご利用ください。 ご不便をおかけしますが、よろしくお願いいたします。 ⇒復旧しました。（2007.09.28 19:00） [附属図書館電子情報掛]

The Royal Society（英国王立協会）が発行する電子ジャーナル"The Royal Society Digital Journal Archive"についてトライアル実施中です。 物理学、生物学、科学史・科学哲学などの研究論文約6000論文が利用可能です。 どうぞご利用ください。 ■The Royal Society Digital Journal Archive 　　- アクセス：http://www.pubs.royalsoc.ac.uk/index.cfm?page=1373 　　- The Royal Society：http://www.royalsoc.ac.uk/ 　　- トライアル期間：2007年9月1日〜11月30日 □対象電子ジャーナル ・Biology Letters (ISSN: 1744-9561) ・Interface (ISSN: 1742-5689) ・Notes and Records (ISSN: 0035-9149) ・Philosophical Transactions A (ISSN: 1364-503X) ・Philosophical Transactions B (ISSN: 0962-8436) ・Proceedings A (ISSN: 1364-5021) ・Proceedings B (ISSN: 0962-8452) [附属図書館電子情報掛]

京都大学図書館機構は、平成19年度京都大学図書館機構公開事業を下記要領で開催いたします。 ふるってご参加下さい。 平成19年度京都大学図書館機構公開事業　開催概要 テーマ： 大学のたわわな果実がどれほど甘く熟しているかをじっくりと味わうには―機関リポジトリによる教育研究成果の発信と効果的利用― 趣旨： 　樹木が果実を育むように、大学では日々豊かな教育研究成果が生み出されています。こうした成果を収集し、社会に還元することを目的として、平成17年度から機関リポジトリの取り組みが全国で始まりました。当初はシステムの導入・構築を中心としていましたが、現在では大学の教育研究成果の確実な収集と効果的な利用に向けての活動に軸足を移しつつあります。京都大学の学術情報リポジトリ(https://repository.kulib.kyoto-u.ac.jp/)も、その高い理想をどのような内容と表現形式により実現するか、ということが問われる段階となっています。 　機関リポジトリの新しい展開に向けて、大学で育まれる豊かな果実を十分に味わう方法をコンテンツの作成者と利用者の双方の立場から話し合う場として、平成19年度京都大学図書館機構公開事業を開催します。 主催：京都大学図書館機構、京都大学学術情報リポジトリ検討委員会 開催日時：平成19年10月24日（水）13時20分〜17時00分（13時より受付開始） 開催場所：京都大学芝蘭会館2階山内ホール http://office.med.kyoto-u.ac.jp/siran/yamauchi.htm http://office.med.kyoto-u.ac.jp/siran/kotsu.htm 参加対象者：京都大学の教員、大学院生、学生等、図書館職員、事務職員、 　　　　　　　　 国立・公立・私立大学等の教員、図書館職員、事務職員、大学院生、学生等、 　　　　　　　　その他機関リポジトリに関心のある方 定員：１００名 参加申込書にご記入のうえ、メールまたはFAXでお送りください。申込書と同じ内容をメール本文にてお送りいただきましても結構です。（メールの場合は、題名を「公開事業参加申込書」としてください。） 申込み宛先：京都大学附属図書館総務課企画・広報グループ 　　　　　　　　 E-mail:kikaku[@]kulib.kyoto-u.ac.jp（メール送信時に[@]→@に変換してください。） FAX:075-753-2649 締切：平成19年10月17日(水)まで プログラム： １．開会挨拶　（13:20〜13:25）5分 　　　　西村　周三（京都大学理事・副学長) ２．講演１　（13:25〜14:10）45分 　　「大学図書館と機関リポジトリ」 　　　　膝舘　俊広（文部科学省研究振興局情報課学術基盤整備室情報研究推進専門官） ３．講演２　（14:10〜14:55）45分 　　「機関リポジトリが大学にもたらすもの、変えるもの」 　　　伊藤　義人（名古屋大学附属図書館長） ４．事例報告１　（14:55〜15:25）30分 　　「文系研究者にとっての情報発信とは」 　　　武田　時昌（京都大学漢字情報研究センター教授） （休憩　１５：２５〜１５：４０）15分 ５．事例報告２　（15:40〜16:00）20分 　　「講究録データとリポジトリに期待するもの、不満なこと」 　　　長谷川　真人（京都大学数理解析研究所教授） ６．事例報告３　（16:00〜16:20）20分 　　「学術情報リポジトリの苦労と喜び：コンテンツ登録と著作権の実務」 　　　京都大学附属図書館情報管理課電子情報掛 ７．討論会　（16:20〜17:00）40分 　　テーマ「大学の果実をどのように味わうか：これからの機関リポジトリ」 　　　司　会：大西　有三(京都大学図書館機構長) ポスター 開催要項はこちら。 [附属図書館総務課企画・広報グループ]