Kyoto University Library Network

■■Web of Science + EndNote Web 講習会■■ 人文科学・社会科学・自然科学の幅広い学術情報を網羅した文献データベース Web of Science と 文献管理ツール EndNote Web の講習会を以下のとおり4会場で開催いたします。 学生・院生・教職員の皆様、多数のご参加をお待ちしております。 講師：トムソンサイエンティフィック 　トレーニング & テクニカルサポート担当　　矢田俊文氏 ●　本部キャンパス（附属図書館） 　　開催日時：12月5日（水）10:00〜11:30 　　開催場所：附属図書館3F　AVホール 　　開催者　：附属図書館参考調査掛 　　お問合せ：附属図書館参考調査掛 　　　　　　　　TEL.075-753-2636 / FAX.075-753-2650 　　　　　　　　E-mail: ref@kulib 　　お申込み：予約は不要です。直接ご来場ください。 ●　南部キャンパス（医学図書館） 　　開催日時：12月5日（水）16:30〜18:00 　　開催場所：第４学生実習室 　　　　　　（医学部総合解剖センター2階　 　　　　　　　学術情報メディアセンター医学部サテライト演習室） 　　開催者　：医学図書館 　　お問合せ：医学図書館　閲覧担当 　　　　　　　　TEL：075-753-4323 / FAX：075-753-4318　 　　　　　　　　E-mail: ref@office.med 　　お申込み：パソコンによる実習（定員40名）をします。 　　　　　　　定員を超えた場合は聴講になります。 　　　　　　　参加希望をされる場合は、次のWebサイトを参照し 　　　　　　　手続きをしてください。 URL:http://www.lib.med.kyoto-u.ac.jp/orientation/wos200712.html ●　宇治キャンパス（附属図書館宇治分館） 　 開催日時：12月6日（木）10:30〜12:00 　 開催場所：化研中会議室（本館西棟C473） 　 開催者　：附属図書館宇治分館　 　 お問合せ：附属図書館宇治分館 　　　　　　　　TEL：0774-38-3010 / FAX：0774-38-4370 　　　　　　　　E-mail: ujibunkan@kulib 　 お申込み：予約は不要です。直接ご来場ください。 ●　桂キャンパス（工学研究科） 　　開催日時：12月6日（木）15:00〜16:30 　　開催場所：桂キャンパス　A1-001（電気系講義室1） 　　開催者　：工学部等図書事務連絡会議 　　お問合せ：建築系図書室 　　　　　　　　TEL: 075-383-2962 / FAX: 075-383-2963 　　　　　　　　E-mail：manabe@archi　　 　　お申込み：予約は不要です。直接ご来場ください。 ※講習内容は以下のとおりです。 『Web of Scienceの基本操作とEndNote Webでの文献管理』（90分） 1) 新しいインターフェースについて(5分） 2) WoS(45分）：キーワードの検索、著者名検索、検索結果の絞込み、引用文献検索（逆引き） 3) EndNote Web(40分）: PubMedなどの文献の取り込み、文献の共有、引用文献の作成 ※医学図書館会場のみ、実習を含みます。

システムメンテナンスのため、図書館ネットワークサービスを下記のとおり一時休止いたします。 ご不便をおかけしますがご了承ください。 　　　　　　　　　記 １．MyKULINEシステムおよびオンライン申込機能 　　休止期間：平成１９年１１月１１日（日）９時〜１９時 ２．蔵書検索KULINE（蔵書検索機能） 　　休止期間：平成１９年１１月１１日（日）１６時〜１７時 ※作業が終了次第、サービスを再開します。 【附属図書館システム管理掛】

地球物理学で唯一の包括的で最先端のレファレンスワーク（大型参考図書）"Treatise on Geophysics"（全11巻、ISBN:978-0-444-51928-3）のオンライン版をトライアルしています。どうぞご利用ください。 ■Treatise on Geophysics - http://www.sciencedirect.com/science/referenceworks/9780444527486 トライアル期間：2007年11月1日-12月11日 ●Treatise on Geophysicsとは？ http://books.elsevier.com/geophysics/ [附属図書館電子情報掛]

エルゼビア（Elsevier）社が、電子ジャーナル・プラットフォームScienceDirectおよび書誌・引用データベースScopusについて、メンテナンスのため、11月3日（土）21:00から11月4日（日）9:00にかけてサービスを停止させるとアナウンスしています。 【休止内容】ScienceDirectで提供している電子ジャーナル 【休止日時】2007年11月4日（日）01:00-09:00（日本時間） 【休止内容】Scopus 【休止日時】】2007年11月3日（土）21:00-11月4日（日）09:00（日本時間） 詳しくはエルゼビア・ジャパンのホームページをご覧ください。 http://japan.elsevier.com/ [附属図書館電子情報掛]

※経済学部・法学部の学生・大学院生は必見です！ ■■LexisNexis Academic 講習会■■ 　日時：11月19日（月） 10時30分〜12時00分 　場所：附属図書館3階　AVホール 　講師：レクシスネクシス　柳　佳世子氏 ※海外の新聞ニュース、企業情報、法律・判例 etc. 　世界の今を知ることができる多様なコンテンツが検索可能な 　LexisNexis Academicの基本的な説明をおこないます。 ・世界の新聞・雑誌を横断検索する。 ・世界の主要新聞の社説を特定のテーマで検索する ・アメリカのTV（CNN、FOX、ABC、NBC等）報道番組より生の 　時事英語にふれる ・有名な米国政府高官や政治家による演説の全文を入手する ・映画・本・音楽・劇・ビデオなどの評論を検索する ・フランス、ドイツ、スペイン、イタリア、オランダの現地発行 　（現地語）の新聞を読む ・特定の企業について、できる限りの情報を収集する 　（概要、財務諸表情報など） ・SEC(米国証券取引委員会)へのレポートを検索する ・米国世論調査、意識調査を調べる ・海外判例・法令・ローレビューを調べる 【附属図書館参考調査担当】

　10月24日（水）に開催いたしました平成19年度京都大学図書館機構公開事業「大学のたわわな果実がどれほど甘く熟しているかをじっくりと味わうには―機関リポジトリによる教育研究成果の発信と効果的利用―」には、109名ものみなさまのご参加をいただき、大変盛況な会となりました。 ご参加いただきましたみなさま、ありがとうございました。 当日は、大学の研究成果公開を目指すリポジトリ事業について、推進主体である大学・大学図書館、支援策を講じる文部科学省、コンテンツ提供者であり利用者でもある研究者、実務を行う図書館の現場とそれぞれの立場から進捗や課題、構想、ニーズが議論されました。 なお、当日の講演資料を京都大学学術情報リポジトリに登録し、下記のように公開しております。 ご参加いただけなかった方にも、当日の議論を垣間見ていただくことができると思いますので、どうぞご覧ください。 □「大学図書館と機関リポジトリ(IR)」 膝舘俊広（文部科学省研究振興局情報課学術基盤整備室情報研究推進専門官） http://hdl.handle.net/2433/48908 □「機関リポジトリが大学にもたらすもの、変えるもの」 伊藤義人（名古屋大学附属図書館長） http://hdl.handle.net/2433/48909 □「学術情報リポジトリの苦労と喜び：コンテンツ登録と著作権の実務」 京都大学附属図書館情報管理課電子情報掛 http://hdl.handle.net/2433/48910 ●公開事業「大学のたわわな果実がどれほど甘く熟しているかをじっくりと味わうには」を開催(10/24) https://www.kulib.kyoto-u.ac.jp/modules/news/article.php?storyid=220 [附属図書館電子情報掛]

重要なお知らせ 　経済研究所図書室では11月2日に書庫の清掃（ワックスをかける）を行います。 本来なら11月は1日（月初め）が休室日となるのですが、2日は書庫に入れませんので休室日を2日に変更いたします。 お間違いのないようによろしくお願いいたします。 ※休室日は返却本のみ受け付けます。

先にお伝えしていますように、10月28日(日)8:00-17:00の間、設備点検のため図書館ネットワークサービスを一時休止いたします。 この間、電子ジャーナル・データベースにつきましては、下記よりアクセスすることでご利用いただけますので、どうぞご利用ください。 ■京都大学図書館電子リソース：電子ジャーナルリスト http://www3.kulib.kyoto-u.ac.jp/edb/gakunaiej.html ■京都大学図書館電子リソース：データベースリスト http://www3.kulib.kyoto-u.ac.jp/edb/gakunaidb.html ■京都大学図書館電子リソース：電子ブックリスト http://www3.kulib.kyoto-u.ac.jp/edb/gakunaieb.html ●図書館ネットワークサービスの一時休止について(10/28) https://www.kulib.kyoto-u.ac.jp/modules/news/article.php?storyid=216 [図書館機構]

10月22日(月)午後より発生しておりました図書館システムの不具合は、23日（火）夜に解消いたしました。 以下のサービスは22時20分に再開しております。 ご迷惑おかけし、誠に申し訳ありませんでした。今後、このような事のないよう努めます。 ●再開したサービス 　１．蔵書検索KULINEおよびオンライン申込 　２．MyKULINEシステム 【図書館機構】

9月12日、京都大学学術情報リポジトリの収録論文が1万件を突破したことを下記のようにお伝えしました。 ■京都大学学術情報リポジトリの収録論文が1万件を突破！　 https://www.kulib.kyoto-u.ac.jp/modules/news/article.php?storyid=210 1万件目の収録論文は、理学研究科物理学・宇宙物理学専攻の吉川研一先生と大学院生の樋口祐次さん、ニューヨーク市立大学のChwen-Yang Shewさんの共著である以下の論文でした。 ●C.-Y. Shew, Y. Higuchi, and K. Yoshikawa “Elucidation of conformational hysteresis on a giant DNA”, J. Chem. Phys., 127, 085103 (2007) http://hdl.handle.net/2433/45695 そこで、1万件目を記念して、吉川先生にコメントをお願いしたところ、快くお引き受けいただき、著者3人の合同コメントを頂戴することができましたので、以下にご紹介いたします。 Q1. 今回の論文はどのような内容でしょうか？　また、研究の進展によってどのようなことを明らかにしようとされているのでしょうか？ What content is this article? What do you try to clarify by the progress of this research?　 A1.

　DNAは生命現象に関わる基本的な物質として、盛んに研究が行われてきています。DNAの塩基配列や原子配列については、近年、飛躍的な研究の進展があり、現代の生命科学の中心課題ともなっています。一方で、細胞由来のDNA分子は、その全長は、mmからcm程度の大きさがあり、それが全体としてどのような特質を持っているかといったことについては、不明な点が多く残されています。我々の研究室では、蛍光顕微鏡を活用して、長鎖DNAの単分子観察を行うことにより、溶液環境の変化にともなう、DNAの高次構造変化について系統的な研究を進めてきました。このような研究を通した、巨大DNA１分子は大きく広がったランダムコイル状態から、高密度に凝縮した状態へと、不連続な転移を示すことを明らかにしてきました。この転移では密度差が、数万倍程度であり、構造的にも不連続―連続転移で特徴付けられることから、Landau流の対称性の議論に基づくと、一次相転移に分類されます。また、このような単一分子鎖レベルでの、相転移は、DNAのsemiflexible(全体の長さのスケールから見ると柔らかいが、局所的に見ると堅いということ)な性質に起因しており、DNAに限らず高分子の一般的な特質とも関連して、今後の展開が期待される研究分野となっています。 　DNA凝縮転移に解明には、学際的なアプローチが求められています。本論文ではDNAの単一分子鎖の実験と、semiflexibleな高分子についての分子動力学による理論計算を、組み合わせて総合的に研究を行った結果を報告しています。 　単一DNA分子の実験では、水溶性の中性高分子であるPEGを添加することによる、単分子鎖の折りたたみ転移の観察を行いました。コイル状態から凝縮状態への過程と、その逆過程を計測した結果、明瞭で、再現性のあるヒステリシスがあることを、見出しました。これは、DNA単一分子鎖レベルでのヒステリシスを明確にしてものとして、実質的に最初の論文となっています。 　上述の実験結果に、分子鎖のsemiflexibilityがどのように関与しているかといった問題に迫るために、無荷電の分子鎖について、折り曲がりの自由度に硬さ（バネ定数）を導入することにより、分子動力学計算を行いました。分子鎖が柔らかい時にはヒステリシスは生じることは無く、十分な堅さを取り入れたときにのみ、ヒステリシスが現れることを確認しまました。分子鎖の堅さが増すと、折りたたまれた状態の秩序性は高く、このことが、折りたたみ転移が、凝縮と脱凝縮でその経路が異なることに直接関与していることが明らかとなりました。 　このように、単一分子鎖の計測実験と、分子動力学計算による理論的なアプローチを併行させることにより、単一長鎖DNAのもつ特質を抽出することができました。 DNA is one of the most studied molecules among the large number of different biomolecules because of its fundamental role in life. Among its molecular properties, the conformational transition of a giant DNA has recently attracted a great deal of attention, because all of the genomic DNA exhibit the size longer than hundreds kilo base-pairs. The research laboratory of Prof. Yoshikawa has pioneered the basic research to elucidate the conformational transition of single DNA molecules caused by condensing agents through single molecular imaging method. As the condensing agents can be multi- valent cations or neutral polymers, such as PEG (polyethylene glycol), are known. This laboratory has revealed the most striking feature of a giant DNA, that is, the long chain DNA undergoes a discrete conformational transition, accompanied with finite region for the coexistence between compact and elongated conformations. The discrete transition is an indication of the first-order phase transition under the criterion of symmetry argument by Landau, and an extensive study has shown that the semiflexibility of DNA is the main cause for such unique behavior. To target on this problem of the phase transition of a single molecular chain, an integrative approach by combining experimental and computational methods was developed in this paper. In the experimental part, the forward and backward titration were conducted to monitor the folding and unfolding processes of a giant DNA by increasing and decreasing PEG concentration, respectively. We find that these two processes form a hysteresis loop in a reproducible manner, suggesting that the folding and unfolding processes of a giant DNA undertake different kinetic pathways. This paper presents the first experiment evidence to characterize the conformational hysteresis loop of a single DNA. In addition, computer simulations were resorted to examine the role of semiflexibility on hysteresis loop by using a simplified chain model. The simulations predict that the hysteresis loop emerges only when the chain is stiff enough, but not in the case of flexible chains. Meanwhile, the compact conformation in the hysteresis loop is found to be more stable in terms of equilibrium thermodynamics. Nevertheless, the elongated DNA chain, which is thermodynamically less stable, persists until the concentration of condensing agents becomes high enough. We discuss such behavior in relation to the semiflexibility of a DNA molecule. Namely, an increase of chain stiffness attenuates the number of chain conformations, including most of conformations required to make a transition to compact conformation. As a result, the folding process is impeded. On the contrary, condensing agents increase monomer-monomer attraction, which facilitate the folding process by increasing the number of chain conformations. Through the integrative approach between single DNA observation and numerical simulation of a semiflexible polymer chain, we mde clear the underlying physics on the conformational hysteresis of DNA. Future study along this direction may open a new discipline on the polymer science not only for DNA but also for macromolecules in general.

Q2. どうして京大リポジトリに登録しようと思われたのでしょうか？　また、そのメリットはどこにあるとお考えでしょうか？ A2.

　本論文のような国際的な共同研究がリポジトリの登録により、広く社会に知れ渡る機会を得ることができたことは、私たち共著者全員の喜びでもあります。学術論文については、版権とも関連して、大きく広報することには難しい点があります。しかしながら、大学での研究は、本来人類の知的財産として、所属する機関や、職の種類、あるいは、国家の枠を超えて、その成果が活用されるべきものであると思います。京大でのリポジトリが大きく発展することに対して、期待の念をこめて、本紹介文のまとめとさせていただきます。 Chwen-Yang Shew, 樋口祐次, 吉川研一

●吉川研究室（時空間秩序・生命物理学） http://www.chem.scphys.kyoto-u.ac.jp/index_s.html [附属図書館電子情報掛]